Dinas Perhubungan Daerah Istimewa Yogyakarta dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Istimewa Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 115 Tahun 2022 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Dinas Perhubungan.

Dinas Perhubungan DIY merupakan unsur pelaksana penyelenggaraan pemerintahan daerah dengan susunan organisasi sebagai berikut: