Dinas Perhubungan Daerah Istimewa Yogyakarta dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Istimewa Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 64 Tahun 2018 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Dinas Perhubungan.

Dinas Perhubungan DIY merupakan unsur pelaksana penyelenggaraan pemerintahan daerah dengan susunan organisasi sebagai berikut: