Dinas Perhubungan DIY berlokasi di Jl. Babarsari No. 30, Janti, Caturtunggal, Kecamatan Depok, Kabupaten Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta 55281. Dinas Perhubungan DIY mempunyai tugas membantu Gubernur melaksanakan urusan pemerintahan dibidang perhubungan. Dinas Perhubungan adalah unsur pelaksana Pemerintah Daerah dibidang perhubungan yang dipimpin oleh seorang Kepala Dinas dan bertanggung jawab kepada Gubernur melalui Sekretaris Daerah.

Bentuk awal Departemen Perhubungan yang lahir dalam kancah perjuangan adalah gabungan antara Departemen Perhubungan dan Departemen Pekerjaan Umum yang dipimpin oleh seorang Menteri bernama Abikusno Tjokrosuyoso. Namun hal ini tidak berlangsung lama, karena Departemen Perhubungan dan Departemen Pekerjaan Umum tidak lagi dijabat oleh orang yang sama. Urusan perhubungan dan pekerjaan umum kini berada di bawah dua pejabat yang berbeda yaitu Kementrian Perhubungan dipimpin oleh Dr. Ir. Budi Karya Sumadi dan Kementrian Pekerjaan Umum di bawah pimpinan Dr. Ir. M. Basuki Hadimuljono, M.Sc pada Kabinet Indonesia Maju.

Sesuai dengan nama yang disandangnya, Departemen Perhubungan mengurusi masalah perhubungan. Kilas balik pada tanggal 19 Desember 1948 keinginan Belanda untuk berkuasa kembali di Indonesia sangat jelas terlihat ketika mereka melancarkan agresi militernya kedua. Dalam agresinya tersebut, Belanda berhasil menguasai Yogyakarta dan menangkap Presiden Republik Indonesia Ir. Soekarno dan Wakil Presiden Dr. Drs. H. Mohammad Hatta. Dalam kondisi darurat ini, Dinas Telegrap sebagai salah satu jawatan dalam Departemen Perhubungan berhasil menjalankan tugasnya yang sangat berdampak penting bagi kelangsungan tegaknya Indonesia saat itu.

Seiring dengan berjalannya waktu, tepatnya pada tahun 1987 berdirilah Dinas Lalu Lintas dan Angkatan Jalan (DLLAJ). Selanjutnya pada tahun 2004 sesuai dengan Peraturan Gubernur Tentang Rincian Tugas dan Fungsi Dinas Perhubungan, DLLAJ berganti nama menjadi Dinas Perhubungan. Pada tahun 2008, Dinas Perhubungan bergabung dengan Dinas Komunikasi dan Informatika (bidang Pemberdayaan Masyarakat Informasi dan bidang Layanan Teknologi Manajemen Informatika) serta Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD) Plaza Informasi. Dinas Komunikasi dan Informatika DIY memfasilitasi dua lembaga, yaitu Komisi Informasi Daerah (KID) dan Komisi Penyiaran Indonesia Daerah (KPID). Selanjutnya pada tahun 2015, Dinas Perhubungan DIY memutuskan berpisah dengan Dinas Komunikasi dan Informatika sesuai dengan peraturan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 59 Tahun 2015 tentang Rincian Tugas dan Fungsi Dinas Perhubungan.

Seiring dengan dinamika perkembangan serta adanya penataan kelembagaan baru Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta, struktur dan ketugasan Dinas Perhubungan DIY juga mengalami penyesuaian, sesuai dengan Perda Istimewa DIY Nomor 1 Tahun 2018. Dishub memiliki Unit Pelayanan Terpadu baru yaitu Balai Pengelolaan Terminal dan Perparkiran atau disingkat BPTPAR.

Kemudian pada tahun 2023, penataan kelembagaan baru pemerintah DIY kembali mengalami pembaharuan dimana struktur dan ketugasan Dinas Perhubungan DIY harus menyesuaikan Perda DIY Nomor 115 Tahun 2022. Beberapa bidang yang mengalami pembaharuan yaitu bidang angkutan, bidang lalu lintas,dan bidang pengendalian operasional. Di bidang angkutan terjadi perubahan yaitu dibentuknya seksi angkutan dalam trayek menggantikan seksi angkutan perkotaan. Di bidang lalu lintas terjadi perubahan yaitu dibentuknya seksi rekayasa lalu lintas menggantikan seksi teknologi transportasi. Selain itu, terjadi perubahan nama pada bidang pengembangan prasarana transportasi m,enjadi bidang keselamatan dan teknologi transportasi serta dibentuknya seksi keselamatan transportasi menggantikan seksi pengembangan prasarana angkutan dan dibentuknya seksi teknologi transportasi menggantikan seksi pengembangan prasarana lalu lintas. Sementara struktur dan ketugasan pada bidang pengendalian operasional tidak terjadi perubahan.

Dasar Hukum pembentukan Dinas Perhubungan DIY tertera dibawah ini:

• Peraturan Daerah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 16 Tahun 1987 Tentang Pembentukan, Organisasi, dan Tata Kerja Cabang Dinas Lalu Lintas dan Angkutan jalan Raya Provinsi
• Peraturan Daerah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 16 Tahun 1998 Tentang Pembentukan, Organisasi, dan Tata Kerja Cabang Dinas Lalu Lintas dan Angkutan Jalan Raya Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta
• Peraturan Daerah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 3 Tahun 2004 Tentang Pembentukan dan Organisasi Dinas Daerah di Lingkungan Pemerintah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta
• Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 40 Tahun 2008 Tentang Rincian Tugas dan Fungsi Dinas dan Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Perhubungan, Komunikasi, dan Informatika 
• Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 59 Tahun 2015 Tentang Rincian Tugas Dan Fungsi Dinas Perhubungan
• Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 64 Tahun 2018 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, Dan Tata Kerja Dinas Perhubungan
• Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 94 Tahun 2018 Tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, Dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Perhubungan
• Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 115 Tahun 2022 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Dinas Perhubungan

Berikut adalah beberapa pejabat yang telah memimpin dari Departemen Perhubungan hingga menjadi Dinas Perhubungan :

• R. Suwarto - Kepala Departemen Perhubungan periode 1950-1973
• R. Moch. Sajid - Kepala Departemen Perhubungan periode 1973-1974
• R Soedarmo - Kepala Departemen Perhubungan periode 1974-1985
• RM. Subagja - Kepala Departemen Perhubungan/Dinas Lalu Lintas dan Angkatan Jalan (DLLAJ) periode 1985-1994
• Drs. Moenadji - Kepala Dinas Lalu Lintas dan Angkatan Jalan (DLLAJ) periode 1996-2000
• Ir. Setyoso Hardjowisastro, M.Si - Kepala Dinas Lalu Lintas dan Angkatan Jalan (DLLAJ)/Dinas Dinas Perhubungan Komunikasi dan Informatika DIY periode 2001-2006
• Ir. Bayudono,M.Sc - Kepala Dinas Perhubungan Komunikasi dan Informatika DIY periode 2006-2007
• Ir. Mulyadi Hadikusumo - Kepala Dinas Perhubungan Komunikasi dan Informatika DIY periode 2007-2010
• Ir. Tjipto Haribowo, M.Si - Kepala Dinas Perhubungan Komunikasi dan Informatika DIY periode 2010-2013
• Ir.Budi Antono, M.Si - Kepala Dinas Perhubungan Komunikasi dan Informatika DIY periode 2014-2015
• Ir. Sigit Haryanta, MT - Kepala Dinas Perhubungan DIY periode 2015-2017
• Drs. Sigit Sapto Rahardjo, M.M. - Kepala Dinas Perhubungan DIY periode 2017-2020
• Drs. Tavip Agus Rayanto, M.Si. - Kepala Dinas Perhubungan DIY periode 2020-2020
• Ni Made Dwipanti Indrayanti, S.T., M.T - Kepala Dinas Perhubungan DIY periode 2021-2024